COVID-19 parameters for Nasopharynx

Имя параметра	Расшифровка	Значение	Единицы измерения	Источник
K_virus_appear	начальная доза вируса или количество вирионов на единицу объема
K_virus_degradation	константа скорости "естественной" деградации (диссипация) вируса	0.7957	d^-1	значение взято как среднее значений из https://doi.org/10.1073/pnas.2017962118
K_ACE2_regeneration	константа скорости регенерации ACE2-клеток	0.57	fmol/ml/h	это значение для легких взято из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118, есть также значение 7x 10-3 измеряемое в mM/min взято из https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118
K_infection_ACE2	константа скорости инфицирования "здоровых" ACE2-клеток	136000.0	1/M/s	взято для кишечника из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118, еще есть значение 17 ml/h/nmol взято для кишечника из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118
K_activation_ACE2_inf_unpackage_by_T_killer	пороговая концентрация T-killer клеток (CD8-CD3, далее T-killer), при которой активируется "распаковка" (разрушение) инфицированных ACE2-клеток - образование новых SARS-CoV-2 вирионов
K_death_ACE2infected	константа скорости "естественной" гибели инфицированных ACE2-клеток	в легких и кишечнике различается в 10 раз
K_death_ACE2infected_with_Tkiller	константа скорости деградации инфицированных ACE2-клеток при помощи T-killer клеток
K_inh_by_ACE2_infected	пороговое количество инфицированных ACE2-клеток, при котором они начинают ингибировать регенерацию ACE2-клеток
K_saturation_ACE2_inf_unpackage_by_T_killer	пороговая концентрация T-killer клеток, при которой происходит насыщение их активирующего воздействия на "распаковку" инфицированных ACE2-клеток
K_unpackage_ACE2_infected	константа скорости "распаковки" инфицированных ACE2-клеток или скорость высвобождения нового вируса в соответствующем компартменте организма	0.0076	1/min	www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.2021642118
K_Tkiller_appear	константа скорости образования T-killer клеток	5-7 дней
K_Tkiller_death	константа скорости "естественной" гибели T-killer клеток	14 дней
K_inh_Tkiller_by_inflammation	пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он подавляет появление новых T-killer клеток
K_inh_Tkiller_by_virus	пороговая концентрация вируса, при которой он подавляет появление новых T-killer клеток
K_T4helper_appear	константа скорости образования T4-helper (CD4-CD3, далее T4-helper) клеток
K_T4helper_death	константа скорости "естественной" гибели T4-helper клеток	2 недели, кроме клеток памяти, но зависит от воспаления
K_act_T4helper_by_inflammation	пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он активирует производство T4-helper клеток
K_act_T4helper_by_virus	пороговая концентрация вируса, при которой он активирует производство T4-helper клеток
K_act_degradation_T4helper_by_virus	пороговая концентрация вируса, при которой он активирует деградацию T4-helper клеток
K_diff_T4_helper	константа скорости дифференцировки T4-helper клеток в T-killer	0.00254	1/h	взято для кишечника из Estimate Lai, X Friedman A.
K_sat_T4helper_by_inflammation	пороговая концентрация "агента" воспаление, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на производство T4-helper клеток
K_sat_T4helper_by_virus	пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на производство T4-helper клеток
K_sat_degradation_T4helper_by_virus	пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию T4-helper клеток
K_diff_naiveB_into_activeB_cells	константа скорости дифференцировки наивных В-клеток в функционально активные B-клетки (продуцирующие антитела IgM, IgG, IgA)	неделя; на два дня дольше, чем Т клетки
K_inh_naiveB_cells_by_inflammation	пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он подавляет производство наивных В-клеток
K_inh_naiveB_cells_by_virus	пороговая концентрация вируса, при которой он подавляет производство наивных В-клеток
K_naiveB_cells_appear	константа скорости образования наивных В-клеток при активации антиген-презентрирующих сайтов (далее АПС)
K_naiveB_cells_death	константа скорости "естественной" гибели наивных В-клеток	две недели
psi_B_naive	константа скорости пролиферации наивных B-клеток
K_act_activeB_cells_by_T4_helper	пороговая концентрация T4-helper клеток, при которой они начинают активировать производство функционально активных В-клеток
K_act_death_activeB_cells_by_inflammation	пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он активирует деградацию функционально активных В-клеток
K_act_death_activeB_cells_by_virus	пороговая концентрация вируса, при которой он активирует деградацию функционально активных В-клеток
K_activated_B_cells_death	константа скорости "естественной" гибели функционально активных В-клеток
K_inh_activeB_cells_by_virus	пороговая концентрация вируса, при которой он ингибирует дифференцировку наивных B-клеток в функционально активные
K_sat_activeB_cells_by_T4_helper	пороговая концентрация T4-helper клеток, при которой происходит насыщение их активирующего воздействия на дифференцировку наивных B-клеток в функционально активные
K_sat_activeB_cells_by_inflammation	пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию функционально активных B-клеток
K_sat_activeB_cells_by_virus	пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию функционально активных B-клеток
K_act_Sa	константа конститутивной скорости активации АПС
K_psi	пороговая концентрация вируса, при которой происходит активации АПС
sigma_S_a	константа скорости диссипации АПС	зависит от воспаления и частоты контактов с СD4 CD21
sigma_m	эффективность активации АПС вирусом, в связанном с антителом состоянии
K_IgA_death	константа скорости деградации IgA	1.5	месяц	в таблице нет референса
K_IgA_income	константа скорости продукции IgA функционально активными В-клетками	100.0	pg/cell/day	The Journal of Immunology (jimmunol.org)
K_bind_IgA	константа связывания вируса с IgA
K_unbind_IgA	константа диссоциации комплекса вируса-IgA
K_IgM_death	константа скорости деградации IgM
K_IgM_income	константа скорости продукции IgМ функционально активными В-клетками	40
K_bind_IgM	константа связывания вируса с IgM
K_unbind_IgM	константа диссоциации комплекса вируса-IgM
K_IgG_death	константа скорости деградации IgG	1.5	месяц
K_IgG_income	константа скорости продукции IgG функционально активными В-клетками	200
K_bind_IgG	константа связывания вируса с IgG
K_unbind_IgG	константа диссоциации комплекса вируса-IgG
K_act_inflam_by_IgG	пороговая концентрация IgG, при которой происходит активация процесса воспаления	линейная зависимость
K_act_inflam_by_IgM	пороговая концентрация IgМ, при которой происходит активация процесса воспаления	тоже линейная зависимость
K_inflammation	константа конститутивной скорости процесса воспаленения (без учета активирующего воздействия антителами)
K_inflammation_death	константа скорости диссипации "агента" воспаления	выведение провоспалительных цитокинов почками обычно за 8-12 часов
K_inh_inflam_by_IgA	пороговая концентрация IgA, при которой они ингибируют процесс воспаления	а это лучше увязать через вирусную нагрузку ане ингибирование процесса воспаления
K_FOXP3_activated_death	константа скорости "естественной" гибели функционально активных FOXP3 клеток	аналогично всем остальным клеткам кроме клетко памяти
K_FOXP3_naive_appear	константа скорости пролиферации наивных FOXP3 клеток	идентично всем остальным
K_diff_FOXP3_naive	константа скорости дифференцировки наивных FOXP3 клеток в функционально активные	варьирует от воспаления. а сроки диффренцировки идентичны с остальными клетками, различается множественность пролиферации
K_inh_FOXP3_by_inflammation	пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он ингибирует дифференцировку наивных FOXP3 клеток в функционально активные
B_0	начальная концентрация наивных B-клеток	10-40 тыс на эпитоп
S_0	суммарное количество неактивных (S_n) и активных (S_a) АПС
area of mucinous	площадь слизистой, без учета желез и многослойности эпителия	0.2	m2